El otro día instalé el ubuntu en un toshiba con una tarjeta gráfica ati y después de haber configurado el compiz fui a probar que tal se veían las películas pero al verlas la pantalla parpadeaba, así que me puse a buscar y encontré la solución. El problema parece ser que es un bug en el compiz y con desactivar los efectos de escritorio se soluciona, pero si no queremos perder nuestros efectos tendremos que hacer los siguiente:
Pulsamos alt + F2 para lanzar una aplicación y escribimos "gstreamer-properties" (sin comillas). Nos vamos a la pestaña de vídeo y en salida predeterminada seleccionamos X Window System (No Xv).
Así.
Actualización: El problema se soluciona al actualizar el driver de ATI Catalyst.