FSlint es una aplicación con la que puedes eliminar archivos duplicados, directorios vacíos entre otras cosas.
El funcionamiento es muy sencillo, solo tienes que indicar la ruta donde quieres buscar y te mostrará los nombres y la ubicación de los archivos duplicados.
Una vez instalado lo podrás encontrar en Aplicaciones -> Herramientas del sistema -> FSlint
Descarga: FSlint
Mas información: pixelbeat.org